上場株券等の保管・受渡しを合理化するために、1991（平成3）年に設立されたわが国唯一の機関。
2008（平成20年）年時点で発行株式の総数に対する預託率は9割超であった。2009（平成21）年1月5日からはすべての株券等は口座によって管理され、振替機関による口座間の振替えによって売買されることとなっている（「株券電子化」を参照）。
1984（昭和59）年11月に「株券等の保管及び振替に関する法律」が施行され、この法律にもとづき、1991（平成3）年10月より「保管振替制度」が実施されていた。
証券保管振替機構は、この保管振替制度にもとづくわが国唯一の保管振替機関であり、わが国の公開会社の発行済株式のうち90％以上の株券を預託されていた。
また2004（平成16）年時点、証券保管振替機構の取扱会社数は4,000社近くにのぼり、すべての公開会社の発行する株券等が取扱い対象となっていた。
証券保管振替機構の保管対象とする証券は、「上場株」「店頭株」「転換社債」「転換社債型新株予約権付社債」「株価指数連動型投資信託受益証券（ETF）」「投資証券」などである。
なお、証券保管振替機構の組織形態は当初は財団法人であったが、2002（平成14）年4月より株式会社に移行した。現在の正式名称は「株式会社証券保管振替機構」である。