地域を指定し、規制の特例措置を定め、その措置を活用して事業を実施する仕組み。「国家戦略特別区域法」に基づく制度である。
国家戦略特区制度を適用する区域（国家戦略特別区域）は政令で指定される。特例措置は、自治体や事業者が提案し、審議を経て決定される（特例措置の創設）。そして、その特例措置を活用する事業者を公募し、事業実施の計画（区域計画）の認定を経て、事業が実施される。
国家戦略特区における特例措置には、例えば、都心居住促進のための容積率・用途等土地利用規制の見直し等、エリアマネジメントの民間開放（道路の占用基準の緩和）、建築物用地下水の採取規制地域における冷暖房利用の特例、滞在施設の旅館業法の適用除外、「地域限定保育士」の創設、企業による農地取得の特例などがある。
なお、規制緩和のための制度には、国家戦略特区のほか、構造改革特区および総合特区がある。