都市再生本部は、環境、防災、国際化等の観点から都市の再生を目指す21世紀型都市再生プロジェクトの推進、土地の有効利用等都市の再生に関する施策を総合的にかつ強力に推進するため、平成13年5月8日の閣議決定により、内閣に設置された。

平成14年6月１日から施行された都市再生特別措置法においては、都市の再生に関する施策を迅速かつ重点的に推進するため、内閣に都市再生本部を置くこととされるとともに（都市再生特別措置法3条）、本部の所掌事務は、（1）都市再生基本方針案の作成・都市再生基本方針の実施推進、（2）都市再生緊急整備地域を指定する政令の立案、（3）都市再生緊急整備地域ごとの地域整備方針の作成及びその実施推進等とされた（同法4条）。本部は、本部長（内閣総理大臣）、副本部長（内閣官房長官、国土交通大臣）、その他関係閣僚により構成されている。

なお、専属事務局として、関係省庁、地方公共団体、民間団体等の職員から成る「都市再生本部事務局」が内閣官房に設置されている。