環境大臣が指定する、自然環境を保全する必要性が特に高い地域（自然環境保全法第22条）。
なお、「自然環境保全地域」は自然公園の区域を含まない。 「自然環境保全地域」に指定されると、建築物の建築、工作物の建築、宅地造成、海底の形状変更、土石採取、特別地区内の河川湖沼の水位・水量に影響を及ぼすような行為をする場合には、30日以上前に環境大臣へ届出をすることが必要となる（自然環境保全法第28条）。 また「自然環境保全地域」の中に特別地区が設けられることがある。この「特別地区」では建築物の建築、工作物の建築、宅地造成、海底の形状変更、土石採取、大臣の指定する湖沼・湿原の周囲1km以内で排水設備を設けての汚水や廃水の排出、大臣の指定する原野山林等での車・馬・動力船の使用と航空機の着陸などについては環境大臣の許可が必要である（自然環境保全法第25条）。  

都道府県は、自然環境を保全する必要性が特に必要な地域を「都道府県自然環境保全地域」に指定することができる（自然環境保全法第45条）。
「都道府県自然環境保全地域」は自然公園の区域を含まない。 「都道府県自然環境保全地域」に指定されると、建築物の建築、工作物の建築、宅地造成、海底の形状変更、土石採取、特別地区内の河川湖沼の水位・水量に影響を及ぼすような行為をする場合には、30日以上前に知事へ届出をすることが必要となる。