国土交通大臣の指定を受けて、宅建業者が受領する手付金等（工事完了後の物件にかかるものに限る）を代理受領し、物件の引渡しまでの間、買主のために保管する事業を営む機関のこと。

指定保管機関は、宅建業者との間に手付金等寄託契約を締結し、業者は買主との間で同契約に基づく寄託金の返還を目的とする債権について質権を設定する契約を締結する。

（公社）全国宅地建物取引業保証協会と（公社）不動産保証協会の2協会が指定保管機関となっている。