建基法に基づき地方公共団体の職員である建築主事に代わって、確認又は検査等を行う機関で、国土交通大臣又は都道府県知事によって指定されたもの。

　2以上の都道府県の区域で確認検査の業務を行おうとする場合は国土交通大臣（1つの都道府県の地域で業務を行う場合は都道府県知事）に対して申請し、国土交通大臣等の指定を受けた者がその業務を行うことができる（建基法77条の18、建基法に基づく指定資格検定機関等に関する省令14条）。

　指定確認検査機関による確認済証は、建築主事による確認済証とみなされ、建築主事の確認済証は不要となる（建基法6条の2）。

　指定確認検査機関が、完了検査又は中間検査を、工事完了又は一定の工程に係る工事終了の日から4日以内に引き受けた場合には、建築主事による完了検査又は中間検査は不要となり、検査の結果、建築物等が建築基準関係規定に適合していると認めたときは、建築主に検査済証又は中間検査合格証を交付し、こられは、建築主事による検査済証又は中間検査合格証とみなされる（同法7条の2、同法7条の4）。

　構造計算書偽造問題への対応及び建築物の安全性の確保のため、平成18年6月に建基法が改正され、指定検査機関の業務の適正化が図られた。この改正により、損害賠償能力、公正中立要件、人員体制等の指定要件が強化されるとともに、特定行政庁に立入検査権限が付与されるなど特定行政庁による指定確認検査機関指導監督の強化が図られている。